进入了明治时代,曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心(佐藤健 饰)已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天,倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通(宫泽和史 饰)将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实(藤原龙也 饰)当年被新政府背叛,侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后,深感背负不可推卸责任的剑心只身上路,在途中不仅偶遇京都女忍卷町操(土屋太凤 饰),还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时,相乐左之助(青木崇高 饰)、神谷薫(武井咲 饰)、明神弥彦(大八木凯斗 饰)、斋藤一(江口洋介 饰)也相继赶往京都。阴云密布的时代,酝酿着一场席卷全国的风暴…… 本片根据和月伸宏的经典漫画原作改编